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La torbidità generata dalle operazioni di dragaggio viene indagata sia come torbidità prodotta direttamente dalle attività di cantiere sia come caratterizzazione della variabilità naturale. Sono state inoltre svolte indagini sulla distribuzione e sulle caratteristiche dei materiali sospesi ed investigato il meccanismo del trasporto solido al fondo. È stato infine svolto lo studio idrodinamico delle aree a praterie a fanerogame.

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La rete di monitoraggio dei livelli di falda, in prossimità delle ture provvisorie per la realizzazione dei cassoni alle bocche di porto di Lido e Chioggia, era composta da postazioni attrezzate con strumentazione di acquisizione automatica; veniva inoltre determinata la densità dell’acqua. Infine, i rilievi plano-altimetrici permisero di valutare variazioni delle quote dei piezometri.

Il monitoraggio della rumorosità delle attività di cantiere alle tre bocche di porto ha il fine di valutare l’efficacia degli interventi di mitigazione attuati dal cantiere (barriere acustiche, schermature, insonorizzazioni, etc.). Il tipo di monitoraggio eseguito, utilizzando centraline con trasmissione dati in tempo reale ha permesso il controllo della rumorosità delle lavorazioni più critiche con emissione di Rapporti di Anomalia in tempi stretti.

Il Piano di monitoraggio ha previsto misurazioni delle polveri sospese (PM₁₀ in continuo) e degli agenti chimici presenti nell'aria e nelle polveri stesse (metalli pesanti nel PM₁₀, concentrazione di IPA, monitoraggio di gas NOx, NO₂ and CO con frequenza oraria). Inoltre sono state raccolte le deposizioni atmosferiche in posizioni distanti dai cantieri. Nei periodi più critici delle attività, sono state effettuate brevi campagne di misura del PM₁₀, ad alta risoluzione temporale. E' stato inoltre predisposto un modello di dispersione degli inquinanti in aria, per valutare l'estensione dell'area interessata dalle emissioni dei cantieri.

Il monitoraggio della vegetazione terrestre prevede indagini in aree che rientrano in SIC-ZPS e siti Natura 2000: controllo della dinamica vegetazionale; aggiornamento dell’elenco floristico; sorveglianza delle infestanti alloctone; cartografia della vegetazione reale e cartografia degli habitat derivata; cartografia floristica alla distribuzione delle specie di interesse conservazionistico; indagine popolazionistica relativa a delle specie di interesse conservazionistico.

La vegetazione acquatica sommersa viene monitorata sia attraverso la realizzazione di un'accurata cartografia dell’estensione delle praterie a fanerogame presso le tre bocche di porto, sia con misure stagionali. Specifiche attività di approfondimento, integrate coi risultati dellla modellazione matematica idro-morfodinamica, hanno avuto lo scopo di verificare eventuali influenze degli aspetti idrodinamici e di trasporto dei sedimenti sull’evoluzione di aspetti biologici ed ambientali nelle bocche di porto.

Gli obiettivi dello studio delle pozze di sifonamento, biotopi presso la bocca di Malamocco, consistono nell’acquisizione di dati caratteristici delle variazioni dell’assetto delle comunità di invertebrati acquatici presenti, per poter valutare se vi siano evidenti e significativi scostamenti rispetto alle condizioni di riferimento in conseguenza delle risposte a impatti riconducibili alle attività di cantiere.

Il rilievo delle comunità bentoniche di substrato mobile consiste nell’analisi della componente macrozoobentonica nelle bocche di porto. Questa comunità rappresenta uno degli elementi chiave nell’ambito della classificazione degli ambienti costieri proposti dalla Direttiva Quadro sulle Acque 2000/60/CE, in quanto ritenuta un buon indicatore dello stato e della funzionalità del sistema nel suo complesso.

Il monitoraggio biologico delle "Tegnùe", substrati solidi che emergono dai fondali sabbiosi dell’alto adriatico, era volto a definire tutti gli elementi della comunità bentonica, in modo da poter individuare eventuali variazioni e situazioni di disturbo nelle comunità e, qualora presenti, verificare se tali variazioni fossero riconducibili alle attività di cantiere piuttosto che ad altre cause o a forzanti naturali o antropiche.

Un aspetto cruciale della funzionalità ecologica della laguna di Venezia è rappresentato dalla connettività mare-laguna ed in particolare dal mantenimento dei flussi di organismi dal mare alla laguna e viceversa. Le attività previste per l’ittiofauna riguardano quindi i rilievi di uova e larve, la distribuzione delle postlarve e dei giovanili e l’applicazione dei modelli di distribuzione dell’habitat nel sottobacino settentrionale.

Il monitoraggio sull’entomofauna viene condotto su 16 specie di coleotteri ritenute tipiche dell’ecosistema litorale veneziano che, benché non incluse negli elenchi di specie di interesse comunitario ai sensi della Direttiva Habitat 92/43/CEE, sono riconosciute come di pregio e meritevoli di protezione dalla più aggiornata letteratura scientifica e, essendo a limitata mobilità, sono ottimi indicatori delle condizioni ambientali di aree piuttosto ristrette.

Il monitoraggio dell’avifauna permette di descrivere le comunità di passeriformi e uccelli acquatici alle bocche di porto e di rilevarne cambiamenti e criticità, attraverso rilievi standardizzati in campo. Inoltre, il monitoraggio dei limicoli è esteso a tutta la laguna di Venezia soggetta a marea. Infine, vengono censite le popolazioni di Laridi e Sternidi nidificanti nelle barene naturali e artificiali della laguna aperta, e le popolazioni di altre specie di uccelli di interesse conservazionistico nidificanti nelle barene artificiali.

La metodologia operativa adottata per il monitoraggio degli effetti prodotti dalle opere di cantiere presso le bocche lagunari in relazione alla matrice economica – settore porto comprende tanto analisi quantitative effettuate su fonti secondarie quanto rilevazioni dirette mediante il ricorso a fonti primarie per gli aspetti qualitativi.

Con riferimento all’area pesca, il monitoraggio ha riguardato due classi di variabili: quelle che si ritiene possano modificarsi nel breve periodo a seguito dell’attività legate alla realizzazione del MOSE, dette variabili “congiunturali”, e quelle che potrebbero subire variazioni solo nel medio lungo periodo, dette variabili “strutturali”. Inoltre, viene svolto annualmente l’aggiornamento sulla consistenza degli stock di vongola adriatica (Chamelea gallina) lungo i litorali antistanti la laguna di Venezia.

L’attività di monitoraggio dei possibili effetti dei cantieri sul turismo ha previsto l’analisi dei parametri di arrivi e presenze delle principali città limitrofe alle bocche di porto (Cavallino, Lido e Chioggia); spesa turistica; percezione del Front Office riguardo alla qualità della vacanza in relazione ai cantieri; percezione del turista; capacità ricettiva dei siti turistici; traffico marittimo di crociere, traghetti ed aliscafi del porto di Venezia.